DNAMAN 9.0是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化分子生物学综合软件，一站式解决核酸 / 蛋白质序列分析、比对、酶切、引物设计、系统发育树构建等核心任务，适配 Windows/macOS/Linux，广泛用于科研、教学与工业界，稳定性与兼容性强，是分子生物学领域的主流工具。以 “序列分析” 为中心，集成 DNA/RNA/ 蛋白质全流程工具，覆盖从基础序列编辑到复杂系统发育分析的所有高频需求，无需切换多软件，大幅提升实验与分析效率。
安装教程
1、下载解压压缩包，运行DNAMAN 9.exe，按照提示完成安装
2、安装完先不要打开
3、把crack下的DNAMAN.exe复制到安装目录C:\Program Files (x86)\DNAMAN
4、替换
5、安装完成
适用人群
✅ 分子生物学科研人员、生物工程从业者✅ 高校生科 / 生化 / 医学专业师生（实验课与论文必备）✅ 基因检测、克隆、表达、进化分析相关人员❌ 局限：无基因组级大规模数据处理能力，复杂蛋白三维结构预测需搭配专业工具（如 PyMOL、MODELLER）
核心功能
1. 序列编辑与基础分析（必备基础）
支持 FASTA、GenBank 等主流格式导入 / 导出，序列反向互补、反向、互补、翻译 / 反向翻译一键完成。
计算序列组成（碱基 / 氨基酸占比）、分子量、GC 含量、Tm 值，标注 ORF 开放阅读框（6 个阅读框）。
批量处理多序列，支持自定义序列注释与数据库管理。
2. 多序列比对与系统发育分析（核心高频）
内置 ClustalW、GCG 等算法，支持全局 / 局部比对，快速比对大量序列并生成同源性矩阵与相似度百分比。
可视化比对结果，标注保守位点、突变位点，支持手动调整比对区域。
基于比对结果构建 NJ/MP/ML 系统发育树，支持树结构编辑、美化与导出（PDF/PNG）。
3. 限制性酶切位点分析（克隆刚需）
内置数百种常用限制性内切酶库（如 BamHI、EcoRI、HindIII），精准定位酶切位点并标注位置与序列。
支持双酶切位点组合查询、稀有酶自定义添加，适配载体构建与质粒改造需求。
电子酶切模拟，预测酶切片段大小与数量，辅助实验方案设计。
4. 引物与探针设计（PCR/qPCR 常用）
设计 PCR 引物、qPCR 引物、测序引物、简并引物与 TaqMan 探针，自动筛选符合 Tm 值（55-65℃）、GC 含量（40-60%）、无二级结构 / 二聚体的引物。
引物特异性评估，分析非特异性扩增风险，错配位点检测。
批量生成引物列表，导出序列与参数报告，直接用于合成。
5. 蛋白质序列分析（表达与结构研究）
计算蛋白质理化性质（等电点、分子量、亲疏水性），预测二级结构（α- 螺旋、β- 折叠、无规卷曲）。
分析功能域、信号肽、跨膜区，支持蛋白序列比对与同源性分析。
翻译 DNA 序列为氨基酸序列，反向翻译蛋白质序列为 DNA 序列，适配基因合成与表达载体构建。
6. 其他实用功能
序列组装：快速组装大量测序片段，辅助基因组与转录组研究。
同源比较：点阵图分析大序列同源区域，识别进化关系。
siRNA 设计：筛选高效 siRNA 靶点，优化序列以提高沉默效率。
软件优劣
优势
一站式集成：DNA/RNA/ 蛋白质分析全流程覆盖，无需多软件切换，效率高。
操作友好：可视化界面，参数设置简单，新手 1 小时内可掌握核心功能。
跨平台兼容：支持 Windows/macOS/Linux，文件格式统一，便于数据共享。
稳定性强：运行流畅，无频繁闪退 / 报错，适配低配电脑。
缺点
收费软件：正版需授权，学术版价格适中，学习版可满足基础需求。
大规模数据处理弱：处理 > 10kb 序列速度较慢，不适合基因组级数据分析。
蛋白三维结构预测有限：仅支持二级结构预测，复杂三维结构需依赖专业工具。
操作流程
以 “基因序列比对 + 酶切位点分析 + 引物设计” 为例，流程如下：
导入目标基因序列（FASTA 格式），确认序列类型（DNA 单链 / 双链）。
多序列比对：选择序列→【Alignment】→【Multiple Alignment】→ 选择 ClustalW 算法→ 生成比对结果并分析保守位点。
酶切位点分析：选中序列→【Restriction】→【Find Sites】→ 筛选常用酶→ 查看并记录双酶切位点位置。
引物设计：【Primer】→【Design Primer】→ 设置 Tm 值、GC 含量、产物长度→ 筛选引物→ 评估二级结构与特异性→ 导出引物序列。
导出结果：保存比对报告、酶切位点图、引物参数表，用于实验记录与论文写作。
